IDE: PhpStorm, Visual Studio Code, Notepad++, Eclipse, Atom, Sublime Text и много других

Composer - менеджер зависимостей для PHP
- Список композер пакетов по популярности: https://packagist.org/explore/popular

PHP Code Similarity Analyzer - инструмент анализа сходства php кода
PHP Code Sniffer - инструмент обнаруживает нарушения определенного набора стандартов кодирования
PHP CS Fixer - инструмент автоматически исправит код под стандарт
PHP Parallel Lint - проверка синтаксиса
PHP Mess Detector - (обнаружитель беспорядков), пытается выявить ошибки, которые не находит компилятор, не оптимальные алгоритмы, переусложнённый код, не используемые выражения и другие подобные проблемы.
PHPLOC - инструмент для быстрого измерения размера и анализируя структуру PHP проекта
PHPDCD - инструмент для определения мертвого кода ( declared функции и методы )
PHPCPD - инструмент для определения дубликатов кода
PHPUnit - фреймворк для юнит тестирования
CodeCeption - фреймвор для тестирования на базе BDD
Security Advisories Checker - инструмент для проверки ваших библиотек на уязвимости
Gulp - сборщик пакетов можно использовать и для php нужд https://www.npmjs.com/search?q=php
phpqa https://github.com/jmolivas/phpqa - библиотека собирающая в кучу большинство из этих инструментов.
XDebug - отладчик позволяет вам отследить исполнение вашего кода и контролировать содержимое вашего стека.

Запуск окружения: virtualbox, vagrant, контейнеры docker, openserver, denver, xampp.

Конечно инструментов намного больше их просто тьма, но тот кто захочет начать этого предостаточно.